Der neue Operationstrakt wurde vor 25 Jahren von dem damaligen Leiter der Pferdeklinik, Prof. Jörg Auer, geplant und mit privaten Geldern finanziert. Dies wurde erforderlich, weil damals die Neubauten der Nutztier- und der Kleintierklinik Priorität hatten, so dass keine Gelder für die Pferdeklinik zur Verfügung standen. Weil zu dieser Zeit aber immer mehr Pferde operiert werden mussten und die Operationen auch immer komplizierter wurden, war es für alle Beteiligten klar, dass die Pferdeklinik über einen zweiten Operationssaal verfügen musste, und dass dieser Operationssaal besser ausgestattet sein soll als der «alte» Operationssaal, der im Jahre 1963 bezogen worden war. Dank der Unterstützung von grosszügigen Gönnern und der Stiftung Pro Pferd konnte so eine hochmoderne Operationseinheit realisiert werden. Noch heute zählt diese Einrichtung zu den modernsten Operationssälen für Pferde und wurde schon von vielen Pferdespezialisten aus der ganzen Welt besucht. Neben einigen Besonderheiten ist der Aufwachpool auch heute noch der einzige in ganz Europa. Dank dieses Pools konnten in den letzten 20 Jahren viele Pferde mit komplizierten Frakturen erfolgreich operiert werden, weil die belastende Aufwach- und Aufstehphase deutlich verbessert und sicherer gestaltet werden konnte.